Author	Chukiat Khotanakul, author
Title	Genetic variation of some Thai rice cultivars detected by random amplified polymorphic DNA analysis / Chukiat Khotanakul = การตรวจหาความแปรผันทางพันธุกรรมของข้าวไทยบางพันธุ์ด้วยวิธีอาร์เอพีดี / ชูเกียรติ กอธนะกุล
Imprint	2000
Connect to	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/67123
Descript	[14], 104 leaves : ill., charts

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) was used to examine genetic variation of 10 Thai rice cultivars; of which Khao Dawk Mali 105, Khao Tah Haeng 17, Leuang Pratew123, Look Daeng Pattani and Gow Ruang 88 are salt tolerant, Muey Nawng 62 M, Nahng Pa-yah 132, Yah Yaw, Foi Tawng and Leb Nok Pattani are salt sensitive cultivars, comparing to 2 exotic cultivars: Pokkali, a salt tolerant rice of Sri Lanka and IR 28, a salt sensitive cultivar from the International Rice Research Institute. When twenty 10 nucleotide-long random primers were used to amplify total genomic DNA from 6 rice cultivars, five primers: provided 16-31 polymorphic DNAs that can identify individual cultivar. Primer X9 (ACGGCCGACC) gave the highest polymorphism. The similarity coefficient (SC) ranging from 0.09-0.58 was obtained among 6 cultivars with 5 primers. The dendrogram revealed by UPGMA cluster analysis classified 6 cultivars into 2 groups. PrimerX9 has the highest tendency to distinguish salt tolerant cultivars from salt sensitive cultivars, because the 5 salt tolerant nee cultivars were separated from IR 28, showing the highest genetic diversity between IR 28 and Pokkali. When all 12 cultivars were used to analyze genetic variation by primer X9, the dendrogram constructed from similarity coefficient separated 10 Thai rice cultivars from 2 exotic rice cultivars: Pokkali and IR 28 by 600 bp DNA band as molecular marker. Analysis of similarity coefficient indicated that the 5 salt tolerant Thai cultivars from all regions: Gow Ruang 88, Look Daeng Pattani, Leuang Pratew 123, Khao Dawk Mali 105 and Khao Tah Haeng 17 are most closely related (SC 0.75-0.93), whereas the 4 salt sensitive cultivars from the South: Nahng Pa-yah 132,Yah Yaw, Foi Tawng and Leb Nok Pattani showed SC: 0.75-0.80. From eight phenological indices of salt tolerance: percent germination, leaf damage, plant height, tillering, ratio of shoot/root dry weight, panicles/ plant, filled grains/ panicle and 100-grain weight, the results showed that leaf damage is the best criterion for distinguishing salt tolerant cultivars with lower leaf damage (10.74-21.87 %) significantly from salt sensitive cultivars (39.37-49.43%), and this phenological index showed good correlation with the genetic similarity analyzed by RAPD (SC 0.75-0.93). At the salt concentration of 8 dS/m, Khao Tah Haeng 17 showed the lowest leaf damage, while MN 62M was the most salt sensitive cultivar in the vegetative phase.
ในการตรวจหาความแปรผันทางพันธุกรรมของข้าวไทย 10 พันธุ์คือ ขาวดอกมะลิ 105 ขาวตาแห้ง 17 เหลืองประทิว 123 ลูกแดงปัตตานี และเก้ารวง 88 ซึ่งเป็นข้าวทนเค็ม เหมยนอง 62 เอ็ม นางพญา ยายอ ฝอยทอง และเล็บนกปัตตานี เป็นข้าวไม่ทนเค็ม เปรียบเทียบกับข้าวต่างประเทศ 2 พันธุ์คือ พอคคาลิ เป็นข้าวพันธ์ทนเค็มของประเทศศรีลังกา และ ไอ อาร์ 28 ซึ่งเป็นข้าวไม่ทนเค็มจากสถาบันวิจัยข้าวนานาชาติ รวมเป็น 12 พันธุ์โดยวิธีแรนดอม แอมพลิไฟด์พอลิมอร์ฟิค ดีเอ็นเอ(อาร์เอพีดี) เมื่อทดลองใช้ไพรเมอร์สังเคราะห์ 20 ชนิด ความยาว 10 เบส กับดีเอ็นเอที่สกัดจากจีโนมทั้งหมดของข้าวหกพันธุ์สามารถคัดเลือกไพรเมอร์ได้ 5 ชนิดซึ่งให้ความหลากหลายของชิ้นดีเอ็นเอง 16-31 แถบที่แยกเอกลักษณ์ข้าวทั้ง 6 พันธุ์ออกจากกันได้อย่างชัดเจนโดยมีไพรเมอร์ X9 ซึ่งมีลําดับเบส ACGGCCGACC ให้พอลิมอร์ฟิเค ดีเอ็นเอสูงสุด ค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมระหว่างข้าวทั้ง 6 พันธุ์อยู่ในช่วง 0.09-0.58 เมื่อใช้ 5 ไพรเมอร์ร่วมกัน เมื่อใช้โปรแกรม UPGMA สร้างแผนภูมิเดนโดรแกรม(dendrogram) จัดกลุ่มความสัมพันธ์ได้เป็น 2 กลุ่ม ไพรเมอร์ X9 มีแนวโน้มที่จะจำแนกข้าวทนเค็มจากข้าวไม่ทนเค็มที่สุด เพราะแสดงความแตกต่างระหว่างข้าวทนเค็มทั้ง 5 พันธุ์จากข้าว ไอ อาร์28 และสูงสุดระหว่างพันธ์พอคคาลิและ IR28 เมื่อวิเคราะห์ความแปรผันทางพันธุกรรรมของข้าวทั้ง 12 พันธุ์ โดยใช้ไพรเมอร์ X9 สามารถแยกเอกลักษณ์ของข้าวทั้ง 12 พันธุ์ใด้ เมื่อนำคะแนนสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงที่ได้ใปสร้างแผนภูมิเดนโดรแกรม สามารถจัดกลุ่มข้าวไทย 10 พันธุ์แยกออกจากข้าวต่างประเทศ 2 พันธุ์คือ พอคคาลิ และไออาร์ 28 ได้อย่างชัดเจนโดยมีแถบดีเอ็นเอขนาด 600 คู่เบส เป็นโมเลกุลเครื่องหมาย เมื่อวิเคราะห์จากค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึง ข้าวไทยพันธุ์ทนเค็ม 5 พันธุ์จากทุกภาคคือ เก้ารวง 88 ลูกแดงปัตตานี เหลืองประทิว123 ขาวดอกมะลิ 105 และ ขาวตาแห้ง 17 มีความใกล้ชิดกันทางพันธุกรรมมากที่สุด (0.75-0.93) ส่วนข้าวไม่ทนเค็มจากภาคใต้ 4 พันธุ์ คือ นางพญา 132 ยายอ ฝอยทอง และเล็บนกปัตตานีความคล้ายคลึงทางพันธุกรรม (0.75-0.80) จากดัชนีแสดงลักษณ์การทนเค็มของข้าว 8 ประการคือร้อยละของการงอก ความเสียหายของใบ ความสูง การแตกกอ อัตราส่วนโดยนํ้าหนักแห้งของต้น/รากจำนวนรวงต่อกอจำนวนเมล็ดดีต่อรวงและนํ้าหนักร้อยเมล็ดพบว่าความเสียหายของใบเป็นดัชนีการ ทนเค็มที่ดีที่สุด สามารถแยกกลุ่มข้าวทนเค็ม ซึ่งความเสียหายของใบอยู่ในช่วง 10.74 - 21.87% ออกจากกลุ่มข้าวไม่ทนเค็มซึ่งมีความเสียหายของใบ 39.37-19.43% ได้อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ และสอดคล้องกับความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมโดยวิธี อารีเอพีดี (0.75-0.93) ข้าวไทยพันธุ์ขาวตาแห้ง 17 มีความเสียหายของใบน้อยที่สุด และเหมยนอง 62 เอ็มทนเค็ม ที่ระดับ 8 ds/m น้อยที่สุดในช่วงการเจริญเติบโตทางลำต้นและใบ

1. Rice -- Thailand
2. Salt-tolerant crops
3. Rice -- Genetics
4. Variation (Bilogy)
5. Random amplified polymorpic DNA